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使用ImageJ/FIJI进行计数—基础篇

文字:[大][中][小] 手机页面二维码 2017/11/6    浏览次数:    

不管是生命科学领域还是材料或其他领域,使用图像分析软件进行计数都是一个常见的需求。我们分两篇文章分别针对基础的细胞核计数和其他复杂样品进行计数来简单介绍下ImageJ/FIJI软件在计数中的应用,当然由于市面上的图像分析软件的套路比较相似,了解这一过程对使用其他软件也会有一定的帮助。


计数的基本套路



细胞核计数示例

1. 准备工作。

打开DAPI染色的图像,并复制图像,后面的处理都在复制的图像上进行。

Open…        

Image -->Duplicated…


2. 分割图像并生成Binary Image

使用Threshold工具选中计数目标Image --> Adjust --> Threshold,然后点击Apply生成Binary Image。




3. 分割相邻的目标图像并计数

图中的细胞核有相连接的部分,计数时需要将其分割开来,可以使用Watershed功能将其分开: Process --> Binary --> Watershed。

然后再次打开Threshold工具选中计数目标Image --> Adjust --> Threshold。

最后,可以计数了:Analyze --> Analyze Particles,结果显示为14个细胞。

如果在计数选项中选择了Add to Manager,被统计的区域会被自动添加到ROI管理器中,而这些ROI也可以在原图原位显示,可进行进一步的分析。




4. 筛选结果

可以通过限制统计目标的大小和形状来做进一步筛选,Size代表筛选的面积范围,Circularity指的是曲率(1为圆形),代表形状。



本文中所涉及的计数问题是针对染色效果较好的细胞核来进行的,很容易让大家对计数和其他图像分析有一个整体认识。其实,在这类图像分析中的难点经常是如何进行图像分割从而将目标区域圈出来,后面我们会针对一些自噬小体、溶酶体或有些噪声较高的图片进行计数来做这方面的介绍。






本信息出自于 SLST分子影像平台 微信公众号 


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